Il 2000 apre la stagione delle grandi mostre al Santa Maria della Scala: si cominicia con l’evento internazionale dedicato a Duccio di Buoninsegna per spaziare dall’arte senese del Trecento alla fumettistica di Milo Manara.
Portati a compimento i progetti delle precedenti amministrazioni e avviati di nuovi, il Santa Maria comincia davvero ad assumere l’aspetto di un polo museale. Maurizio Cenni, sindaco di Siena dal 2001 al 2011, ricorda i traguardi raggiunti grazie anche alle risorse a disposizione. In dieci anni furono investiti 25 milioni di euro per il recupero di 20 mila metri quadrati dell’antico Spedale e per il restauro degli affreschi. L’attuale aspetto del Santa Maria della Scala viene realizzato proprio in quel periodo. Anni felici anche per l’aumento dei visitatori, oltre un milione e 200 mila di biglietti staccati, complici anche le importanti esposizioni temporanee promosse dalle istituzioni cittadine.